南极企鹅的老家是在什么地方?企鹅的祖先会不会飞?企鹅是由什么进化来的等等有关企鹅起源问题，是生物学家正在探讨和研究的课题，迄今为止仍是一个谜。
然而，有一种说法，认为南极洲的企鹅来源于冈瓦纳大陆裂解时期的一种会飞的动物。大约距现在2亿年以前，冈瓦纳大陆开始分裂、解体，南极大陆分离出来，开始向南漂移。此时恰巧有一群会飞的动物在海洋的上空飞翔，它们发现了漂移的南极大陆这块乐土，于是它们盘旋着、观看着、卿卿喳喳地“议论”着，最后它们决定降落到这块土地上。开始它们在那里过得十分美满，丰衣足食，尽情地追逐、狂欢。然而，好景不长，随着大陆的南下，越来越冷了，它们想飞也无处飞了，四周是茫茫的冰海雪原，走投无路，只好安分守己地呆在这块土地上。不久南极大陆到了极地，日久天长，终于盖上了厚厚的冰雪，原来繁茂的生物大批死亡，唯有企鹅的祖先——一种会飞的动物活下来了。但是，它们却发生了脱胎换骨的变化，由会飞变得不会飞了，由原来宽阔蓬松的羽毛变成了细密针状羽毛，原来苗条细长的躯体也变得矮胖了。生理功能也发生了深刻的变化，抗低温的能力增强了。随着岁月的流逝，世纪的更替，它们终于变成了现代的企鹅，成为南极地区的土著居民。
上述说法虽然有些离奇，但是也不完全是无中生有，多少也有一些科学依据。古生物学家在南极洲曾经发现过类似企鹅的化石。分析结果认为，当时的这种类似企鹅的鸟类具有两栖类动物的某些特征，高1米左右，重9.3公斤，也许这就是企鹅的前身。
